El antiguo cronista de Guadalajara Layna Serrano en su obra «Castillos de Guadalajara» describe la forma que tiene el castillo en los siguientes términos:
«Se adapta la fortaleza a las peñas que la sirven de sólidos cimientos, teniendo la forma de largo y estrecho buque con la aguda proa dirigida sensiblemente hacia el norte; carece de foso y barbacana, innecesarios en absoluto dada la pronunciadísima pendiente de las laderas y la imposibilidad de atacar el castillo con trabajos de zapa ni aproximación de ingenios de cualquier clase. La fortaleza de Santiuste se extiende por encima de la estrechísima plataforma del peñón abarcando todos los picachos hasta que se inicia el declive, sin consentir que el enemigo pueda acercarse a ella más que por las bandas; pero como éstas son casi inaccesibles, o había que tomarlo a escala vista o cercando toda la montaña hasta que la sed y el hambre rindiera a los defensores».
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Todos los autores coinciden en señalar su forma estrecha y muy alargada, con unas medidas de 90 metros por 12 de anchura (Layna Serrano, Jorge Jiménez Esteban, José Luis García de Paz…).
El castillo está realizado en mampostería bien trabajada. Según Guillermo García-Contreras Ruíz de la universidad de Granada, dejando aparte las zonas con cemento de factura moderna, se pueden identificar por lo menos dos grandes fases en la construcción de mampostería según la calidad y color del mortero: una fase con un mortero de color gris más moderno y más fino y depurado y otra fase con mortero de color rosáceo, con inclusiones de áridos de tamaño medio y restos de cal en nódulos y que estratigráficamente parece más antiguo, ya que aparece en el paramento inferior de la torre pentagonal, único totalmente diferente del resto, ya que los mampuestos aparecen en diagonal, en la forma conocida como espina de pez, típica de los siglos IX y X en otras construcciones tales como ciertos muros del castillo Atienza y en la Casilla de los Moros de Membrillera, ambos en Guadalajara.
Otro tema en el que coinciden los estudiosos es en dividir la estructura del castillo en tres partes diferenciadas y estancas, susceptibles según Layna, de ser defendibles por separado:
Un primer recinto
Un primer recinto más moderno con forma parecida a un embudo, consistente en la entrada en el ángulo norte con una torre pentagonal y con restos de caballerizas y de un aljibe.
La torre pentagonal, al parecer, está construída encima de otra torre cuadrada o rectangular más antigua, que formaría parte del castillo musulmán original.
Segundo recinto o central
Tras el patio del primer recinto, un segundo recinto más antiguo y más fuerte con un cuerpo central de altos muros con almenas cuadradas y cuatro grandes torres de dos pisos con varias habitaciones y un aljibe. Pavón Maldonado piensa que este recinto central sería el castillo árabe original, Layna Serrano también pensaba que éste era «el verdadero castillo» y que sólo hubiera existido éste si no llega a ser porque la configuración del terreno obligaba a extenderlo para dificultar el ataque de los sectores vulnerables y además así podría albergar una guarnición mayor.
Tercer recinto
Un tercer recinto constituido por un patio al lado sur con dos torres circulares esquineras al estilo del castillo de Jadraque según Jorge Jiménez Esteban. Layna y Pavón Maldonado estimaban que anteriormente sería un albacar o recinto murado para guardar ganado. «Espacio trapezoidal con dos cubos gemelos en las esquinas entre los que corre una pared de cierre (Layna)«
La estructura del castillo forma como tres conjuntos independientes y estancos y en dos de ellos (primer recinto y segundo recinto) hay restos de dos aljibes para suministrar agua a cada zona autónoma.
Una última mención antes de entrar al estudio de cada parte por separado es sobre el tema del espesor de los muros; el castillo ha sufrido una gran restauración en los años 80 del siglo pasado que ha respetado en parte el trazado de las antiguas cortinas y torres, antes de dicha restauración y según refleja Layna, en sus visitas a las ruinas, los muros de las cortinas sobrepasaban un metro de grosor y en las torres metro y medio con ausencia total de aberturas ni aspilleras en los pisos inferiores. En cuanto a la altura de los muros que quedaban, lo podemos ver reflejado en la imagen superior y lo comentaremos en adelante.
